V roce 1989 stihl klub získat jméno RH Spartak Hradec Králové, ten mu však vydržel jediný rok, následně se název změnil na SKP Spartak Hradec Králové. V sezóně 1989/90 vybojovali Votroci návrat do nejvyšší soutěže. V ní se pak udrželi až do ročníku 1999/00 – dodnes jde o nejdelší období, které klub nepřetržitě v 1. lize strávil. V roce 1993 se pak přejmenoval na SKP Fomei Hradec Králové, klubu však tento název opět vydržel jen jeden rok, následně došlo k návratu k původnímu jménu – SK Hradec Králové.
Mezitím se Východočeši napevno usadili v nejvyšší soutěži, která už nově nezahrnovala slovenské celky. Přišla sezóna 1994/95. Hradec skončil v lize na 12. místě. Svou pozornost však tehdy směřoval i k poháru. Ve středu 14. června 1995 nastoupil k finálovému duelu, ve kterém se střetl s Viktorií Žižkov. Jelikož 120 minut hry nepřineslo gól, rozhodovaly pokutové kopy. Votroci je vyhráli 3:1 a zaznamenali tak druhý největší úspěch v klubových dějinách, když nad své hlavy zvedli Pohár ČMFS.
Na podzim 1995 hráli hradečtí fotbalisté Pohár vítězů pohárů, ve kterém po přesvědčivých výsledcích vyřadili Vaduz i dánskou Kodaň. V osmifinále však podlehli Dynamu Moskva. V Rusku prohráli 0:1, na Všesportovním stadionu pak ztrátu smazali a celkové skóre srovnali. O postupu rozhodoval penaltový rozstřel, jenž posunul do čtvrtfinále soupeře. Votroci pak až na jedinou výjimku hájili prvoligovou příslušnost až do sezóny 2002/03, kdy obsadili poslední příčku a z elitní soutěže sestoupili.
